होळीच्या सणाला रंगांचे पारंपारिक महत्व जितके मोठे आहे, तितकेच होलिका दहनाला धर्मशास्त्रानेही मोठे महत्व दिले आहे. होलिका दहन करीत असताना केलेल्या अग्नी देवतेच्या पूजनामुळे घरातील नकारात्मक वातावरण नाहीसे होऊन घरामध्ये सुख-समृद्धी, आणि आरोग्य नांदते अशी मान्यता रूढ आहे. शिशिर ऋतूची समाप्ती आणि वसंत ऋतूचे आगमन दर्शविणारा हा उत्सव आहे, आयुर्वेदाच्या अनुसार कोणत्याही दोन ऋतूंच्या मधील संक्रमण काळामध्ये, म्हणजेच ऋतुमान बदलत असलेल्या काळामध्ये मनुष्याच्या शरीराची रोगप्रतिकारशक्ती कमकुवत होत असल्याने या दिवसांमध्ये अनेक आजार मनुष्याला ग्रासत असतात. ऋतुमान बदलत असताना शरीरामध्ये कफवृद्धी होत असून, वसंत ऋतूमध्ये हवामान उष्ण असल्याने शरीरातील कफ बाहेर पडण्यास सुरुवात होते, व त्यामुळे या दिवसांमध्ये सर्दी खोकला होण्याचे प्रमाण जास्त असते. अशा वेळी अग्नी विशेष प्रभावी असल्याने होलिका दहनाला धार्मिक आणि शास्त्रीय महत्व दिले गेले आहे.
हवामान बदलत असताना शरीरामध्ये शैथिल्य निर्माण होते. त्यामुळे अग्नी प्रज्वलित केल्याने शरीरामध्ये चैतन्य, उत्साह संचारतो. म्हणूनच होलिका दहनाच्या वेळी अग्नी परिक्रमा, अग्नीच्या भोवती म्हटली जाणारी खास होळीची गीते, इत्यादी परंपरा रूढ आहेत. होलिका दहनासाठी प्रज्वलित केल्या जाणाऱ्या अग्नीसाठी शेणाच्या गोवऱ्यांचा वापर केला जातो. या अग्नीच्या धुरामुळे वातावरणातील अपायकारक जीवाणू नष्ट होतात, व शरीरामध्ये उर्जेचे संचरण झाल्याने रोगप्रतिकारशक्ती वाढण्यास मदत होते.
होळीच्या दिवशी होलिका दहन केले जाण्यापूर्वी अग्निदेवतेची पूजा केली जावी असे धर्मशास्त्राचे विधान आहे. अग्नी हा पंचतत्वांपैकी एक असून, सर्वच जीवांमध्ये अग्नीचा अंश असतो अशी मान्यता असल्याने अग्नीपूजनाला या दिवशी विशेष महत्व आहे. तसेच होलिकादहन करताना देखील विशिष्ट मुहूर्तावर ते केले जाणेही आवश्यक मानले गेले आहे. नारदपुराणाच्या अनुसार होळीसाठी केले जाणारे अग्नी प्रज्वलन फाल्गुन पौर्णिमेला भद्ररहित प्रदोषकाळामध्ये सर्वोत्तम मानले गेले आहे. होलिका दहनासाठी परिवारातील सर्व सदस्यांनी एकत्र येऊन नवे धान्य अग्नीला समर्पित करावे. यामुळे शुभफल प्राप्त होऊन घरामध्ये सुख समृद्धीचे आगमन होत असल्याचे म्हटले जाते. होलिका दहनाचा अग्नी अतिशय पवित्र मानला जात असून याच अग्नीने अखंडज्योत प्रज्वलित करण्याची परंपरा ही अनेक ठिकाणी आहे.