भारतात गणेश मंदिरांची संख्या हजारोमध्ये असली तरी चिंतामणी गणेशाची मंदिरे मात्र हाताच्या बोटावर मोजता येतील इतकीच आहेत. चिंतामणी गणेशाच्या नुसत्या दर्शनाने भाविकांच्या मनोकामना पूर्ण होतात असा विश्वास आहे. चिंतामणी गणेश मंदिरांबाबत अनेक कहाण्या सांगितल्या जातात. एखाद्या भाविकाच्या स्वप्नात जाऊन प्रत्यक्ष गणेशाने त्याची मूर्ती अमुक ठिकाणी आहे ती स्थापन कर असा दृष्टांत देणे किंवा एखाद्या ठिकाणी गणेश स्वयं प्रकट होणे याला चिंतामणी गणेश म्हटले जाते.
मध्यप्रदेशात भोपाल जवळ सिहोर येथे असे चिंतामण गणेश मंदिर आहे. याची कथा अशी सांगतात कि राजा विक्रमादित्य याच्या स्वप्नात जाऊन गणेशाने त्याची मूर्ती पार्वती नदी काठी पुष्परुपात आहे ती आण असा दृष्टांत दिला. त्यानुसार विक्रमादित्य राजा त्या ठिकाणी गेला तेव्हा त्याला गणेश रूपातील फुल दिसले. त्याने ते घेतले व परत येत असताना रात्र झाल्याने एका ठिकाणी मुक्काम केला तेथेच ते फुल जमिनीवर पडले. राजाला ते पुन्हा उचलून घेता येईना. या फुलातून गणेश प्रकट झाले तेव्हा राजाने तेथेच हे मंदिर बांधले.
दुसरे चिंतामणी गणेश मंदिर उज्जैन येथे आहे. यासंदर्भात अशी माहिती मिळते कि त्रेता युगात रामाने या गणपती मूर्तीची स्थापना केली आहे. वनवासात असताना सीतेला तहान लागली तेव्हा रामाने लक्ष्मणाला पाणी आणण्याचा आदेश दिला मात्र लक्ष्मणाने त्याला नकार दिला. तेव्हा रामाने दिव्यदृष्टीने पहिले तेव्हा या भागातील हवा दुषित असल्याचे त्याला समजले. तेव्हा रामाने दुषित हवा दूर करून तेथे हे मंदिर बांधले आणि मग लक्ष्मणाने तेथे तलाव निर्माण करून पाणी आणले. या मंदिराजवळ आजही हा तलाव असून त्याला लक्ष्मण बावडी असे म्हणतात. तेथे गणेशाच्या तीन मूर्ती आहेत.
अन्य दोन चिंतामणी गणेश मंदिरे गुजराथ व रणथांबोर येथे आहेत. महाराष्ट्रातील अष्टविनायकापैकी एक असलेला थेऊरचा गणपती सुद्धा चिंतामणी नावाने ओळखला जातो.