वडाकुन्नाथन या मल्याळी शब्दाचा अर्थ आहे शिव मंदिर. गॉडस ओन कंट्री म्हणविल्या जात असलेल्या केरळातील त्रिसूर अथवा थ्रिसूर येथील हे प्राचीन शिवमंदिर वास्तूशिल्पाचा बेजोड नमुना असून या शिवलिंगाची स्थापना विष्णुचा सहावा अवतार मानल्या गेलेल्या परशुरामाने केल्याचे सांगितले जाते. चारी बाजूंनी गोपुरांनी नटलेल्या या मंदिराभोवती प्रंचड मोठी तटबंदी असल्यासारखी भिंत आहे. २०१२ साली भारतीय पुरातत्त्व विभागाने केरळमधील १४ साईटसना अतिप्राचीन असल्याचा दाखला दिला व युनेस्कोने हे मंदिर जागतिक वारसा यादीत सामील केले आहे.
या मंदिराबाबत ब्रह्मपुराणातही उल्लेख सापडतात. मंदिर स्थापनेच्या अनेक कथा सांगितल्या जात असल्या तरी शिवलिंगाची स्थापना परशुरामानेच केल्याविषयी मात्र सर्वांचे एकमत आहे. एका कथेनुसार परशुरामाने २१ वेळा पृथ्वी निःक्षत्रिय केल्यानंतर पापक्षालनासाठी यज्ञ करून दक्षिणेतील ब्राह्मणांना तेथील सर्व भूमी दिली व तपस्येसाठी नवीन जागेच्या शोधात असताना समुद्रदेव वरूण याच्याकडे प्रार्थना केल्यावर समुद्रातून जी जमीन वर आली ती म्हणजेच केरळ. अन्य कथेनुसार वरूणाने परशुरामाला त्याच्या कुर्हानडीने समुद्रात नवीन भूमी तयार करण्याची आज्ञा दिली तेव्हा परशुरामाने त्याचे गुरू शिव याच्याकडे जाऊन प्रार्थना केली व नवीन भूमीवर पार्वतीसह वास्तव्यास येण्याची विनंती केली.तेव्हा प्रसन्न झालेले शिव पावती, गणेश व सुब्रह्मण्यम यांच्यासह येथे आले. ते प्रथम ज्या जागी थांबले ती ही जागा.
येथे येताच शिव एका वडाच्या झाडाखाली थांबले ते मूळ स्थान मानले गेले. मात्र क्षणात शिव अदृष्य झाले व तेथे शिवलिंग दिसू लागले. कोचीच्या राजाने नंतर हे लिंग मंदिर बांधून तेथे स्थापन केले. याच शंकरासमोर आद्य शंकराचार्यांचे माता पिता पुत्र प्राप्तीसाठी ४१ दिवस उपासना करत होते व शंकराच्या कृपेनेच आद्य शंकराचार्य जन्मास आले असेही सांगितले जाते. मंदिरातील लिंग पूर्णपणे तुपाने माखलेले आहे. म्हणजे वर्षानुवर्षे या लिंगावर तूप ओतले जात आहे त्यामुळे प्रत्यक्षातले १६ फुटी लिंग पाहताच येत नाही. हे तूप वर्षानुवर्षे राहूनही त्याला वास येत नाही अथवा उन्हाळ्यातही ते वितळत नाही असे समजते. ९ एकर परिसरात या मंदिराचा विस्तार असून मंदिराभोवती तटबंदी आहे. चार गोपुरे आहेत व मंदिर परिसरात कृष्ण, नंदिकेश्वर, परशुराम, शंकराचार्य यांच्यासह अनेक देवतांची मंदिरे आहेत.
या मंदिराचे आणखी एक वैशिष्ठ म्हणजे येथे प्रसाद म्हणून कोणताही गोड अथवा अन्य पदार्थ दिला जात नाही. येथे प्रसाद म्हणून सीडी, डीव्हीडी, टेक्स्ट बुक अशा शैक्षणिक उपयोगाच्या वस्तू दिल्या जातात. ट्रस्टच्या म्हणण्यानुसार ज्ञानाचा प्रचार व प्रसार याशिवाय अन्य मोठा दुसरा प्रसाद असू शकत नाही.